Elementos de Proteómica

Código

0201497

Créditos ECTS

2

Objetivos

Pretende-se que os alunos conheçam as principais técnicas utilizadas em separação, análise e identificação de proteínas obtidas de amostras complexas e num contexto de saúde. Deseja-se que conheçam os principais desafios que se colocam a nível de proteómica na área da saúde e reconheçam a importância desta abordagem.

Programa

1. Importância da proteómica no contexto Saúde

Abordagem de proteómica funcional; Identificar marcadores de doenças; Identificação de patologias através de uma análise proteómica quantitativa;

2. Desafios à proteómica no contexto Saúde

Identificação de proteínas num complexo biológico; Dificuldades na deteção de proteínas minoritárias;

Conjugação de técnicas de separação e purificação;

3. Técnicas de separação e deteção

Preparação e manipulação da amostra; Separação cromatográfica (HPLC, FPLC); Separação electroforética (SDSPAGE, nativa bidimensional, 2DE-SDS-PAGE); Coloração (coomassie, coomassie coloidal, prata, fluorescência, imuno);

4. Técnicas de análise de proteínas

Análise de imagem (ImageMaster 2D, Quantity one)

5. Técnicas de identificação de proteínas

Sequenciação de Edman N-terminal; Espectrometria de massa (MALDI-TOF, MALDI-TOF-TOF, ESI-MS-MS)

6. Análise in sillico

Bases de dados (NCBI, Swiss Prot, MSDB, MEROPS); Ferramentas de análise molécular.

Métodos de Ensino

Pretende-se que as aulas sejam compostas por uma parte expositiva de alguns aspetos teóricos fundamentais, que permitam lançar questões, incentivando os alunos a uma participação ativa em que se pretende correlacionar os temas abordados. Numa segunda parte serão dados problemas práticos para os alunos resolverem. Será indicada bibliografia, onde os alunos poderão consolidar os temas abordados e aprofundar aspetos relacionados. Serão fornecidas ferramentas WEB open-source para que os alunos resolvam problemas e obtenham informação de forma autónoma e racional.

Bibliografia

McDonald WH, Yates JR 3rd. Curr Opin Mol Ther. 2003 Jun;5(3):302-9.

Colinge J, Magnin J, Dessingy T, Giron M, Masselot A. Proteomics. 2003 Aug;3(8):1434-40.

Lin D, Tabb DL, Yates JR 3rd. Biochim Biophys Acta. 2003 Mar 21;1646(1-2):1-10.

Hunter TC, Andon NL, Koller A, Yates JR, Haynes PA. J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 2002 Dec 25;782(1-2):165-81.

McDonald WH, Yates JR 3rd. Dis Markers. 2002;18(2):99-105. Review.

Henzel WJ, Watanabe C, Stults JT. Protein identification: the origins of peptide mass fingerprinting. J Am Soc Mass Spectrom. 2003 Sep;14(9):931-42.

Yates JR 3rd, Eng JK, McCormack AL, Schieltz D., Method to correlate tandem mass spectra of modified peptides to amino acid sequences in the protein database. Anal Chem. 1995 Apr 15;67(8):1426-36.

http://www.ionsource.com

Método de Avaliação

    Trabalho Individual e/ou de Grupo - 100 %